Перемешивание строк shuffle

from sklearn.utils import shuffle
df = shuffle(df)
или
df.iloc[np.random.permutation(len(df))]

df_shuffled.reset_index(drop=True) # чтобы сохранить индекс

или

df1_new, df2_new = shuffle(df1_old, df2_old, random_state=56789)